中标通知书发放和代理服务费收取是两个截然不同的法律概念，不能混为一谈。

中标通知书的发放，本质是招标人对中标人作出的承诺。当招标人接受中标人的要约，确定其为中标人时，意味着双方就项目的主要条款达成合意，就应当在要约有效期内发出承诺，合同关系初步确立。《政府采购货物和服务招标投标管理办法》（财政部令第87号）第六十九条明确规定，采购人或者采购代理机构应当自中标人确定之日起2个工作日内，在省级以上财政部门指定的媒体上公告中标结果，且在公告中标结果的同时，应当向中标人发出中标通知书。可见，发放中标通知书是采购人和代理机构必须履行的法定义务。

反观代理服务费收取，它是代理机构基于与招标人之间的委托代理协议或招标文件相关约定，因提供代理服务而收取的费用，体现的是一种服务报酬的支付关系，是对代理机构提供服务的经济补偿约定，属于民事合同关系范畴。

从权利义务主体来看，二者也有明显区别。中标通知书发放的主体是招标人或其委托的代理机构，发出对象是中标人，产生的是招标人与中标人之间关于中标项目的权利义务关系，比如招标人有与中标人签订合同的义务，中标人有履行合同的义务。而代理服务费收取的主体是代理机构，支付方可能是招标人，也可能是中标人，体现的是代理机构与招标人或中标人之间关于服务费用支付的权利义务关系，例如代理机构有按照合同约定提供专业、规范代理服务的义务，支付方则有按照约定支付费用的义务。

从法律上分析，代理机构与中标人的服务费纠纷受《民法典》约束，需通过协商或民事诉讼解决。代理服务费与中标通知书及政府采购合同是否成立无关，代理服务费支付并非中标人履行政府采购合同的前提条件，二者分属不同法律关系。

然而在现实中，的确存在部分代理机构扣留中标通知书，以此来要求中标人支付代理服务费的不当行为。这种做法明显违反了公平原则，将服务费支付与中标结果捆绑，实质上是变相增设中标条件，破坏了市场公平竞争的环境。

综上，代理机构在面对代理服务费拖欠问题时，应通过合法途径，如协商或诉讼来解决，而不应采取扣留中标通知书这种不当方式。